Como seres vivos desprovistos de clorofila, los hongos deben alimentarse a partir de otros seres vivos o bien de sus restos muertos. En el primer caso pueden desarrollarse a partir de otro ser vivo del cual extraen sus sustancias y llegan a perjudicarle; hablamos de "hongos parásitos". También pueden asociarse con el otro ser vivo en beneficio mutuo, y en este caso tenemos "hongos simbiontes". En otros muchos casos los hongos se alimentan de restos orgánicos por lo que se denominan "hongos saprofitos".

Los hongos parásitos son muy frecuentes en nuestros bosques donde causan un lento pero irreversible daño, que puede llegar a tener una gran importancia ecológica o incluso perjudicar su posible explotación forestal. Podemos citar los "yesqueros" o "poliporos" y la seta de color de la miel (Armillaria mellea) que son los más frecuentes en los bosques de Sanabria. La presencia de heridas en los troncos o la acción de los incendios sobre la corteza debilita extraordinariamente al árbol frente al parásito, que penetra en sus tejidos con facilidad. Algunos árboles son más resistentes al parasitismo que otros, como por ejemplo las coníferas (pinos, enebros y tejos) que son especialmente resistentes debido a la presencia de sustancias fungicidas en su leño. Sin embargo hay hongos como el yesquero azufrado (Laetiporus sulphureus) que no son afectados por estas sustancias y pueden parasitar incluso al Tejo (Taxus baccata).

Líquen (Cladonia corallina) Los hongos simbiontes se relacionan con las plantas a través de unos sistemas celulares microscópicos que se llaman "micorrizas" y que conectan el micelio del hongo con las raicillas de la planta. Con estos sistemas se aumenta extraordinariamente la superficie útil de la raíz y es capaz de absorber mayor cantidad de nutrientes. Se facilita de ese modo la toma de sales minerales y de agua del suelo por parte de la planta que a cambio suministra al hongo a través de la micorriza una parte de los hidratos de carbono que ha producido a través del proceso de fotosíntesis. Algunos hongos Ascomicetos se han especializado en una asociación simbiótica específica con algas microscópicas, llamada "liquen". En ésta el hongo aporta su micelio para fijarse al sustrato y procura ambiente húmedo al alga; y ésta a cambio le aporta los nutrientes carbonados que es capaz de producir mediante la fotosíntesis.

Existen una gran variedad de hongos asociados a las plantas y que forman dos tipos básicos de micorrizas:

• Aquellos menos avanzados que solo cubren la superficie de las raicillas formando una especie de manto (ectomicorrizas).
• Los que han llegado a penetrar en el interior de los tejidos de la raíz, formando una estructura compleja en el interior de las células del córtex de la raíz (endomicorrizas).

Entre los hongos que forman simbiosis del primer tipo tenemos un gran número de especies de las familias Agaricáceas y Boletáceas, entre las cuales hay muchas especies de setas comestibles como los champiñones, las amanitas y los boletos. En el segundo tipo encontramos representadas familias mucho más dispares, la mayoría no productoras de setas comestibles.

Lactarius deliciosus Algunas de las plantas que tienen este tipo de asociación con los hongos son muy dependientes de ella, como es el caso de algunas orquídeas cuyas semillas no pueden crecer a menos que se asocien inmediatamente con el hongo.

No hay muchos casos de especificidad entre hongo y planta; sin embargo, se puede citar la especificidad entre el níscalo (Lactarius deliciosus) con pinos, Leccinum duriusculum con álamo blanco (Populus alba), etc.

Los hongos saprofitos tienen una indudable importancia ecológica en los ciclos naturales de los ecosistemas ya que sin ellos los restos orgánicos de los seres muertos se acumularían en el suelo; además los nutrientes integrados en ellos no volverían al ciclo natural de la materia. Sólo las bacterias y los hongos saprofitos poseen las enzimas necesarias para descomponer algunas sustancias muy duras como la lignina de la madera o la quitina de los insectos. Estos hongos pueden nutrirse de diferentes tipos de materia orgánica como hojarasca, madera, humus, piñas, musgos, turba, carbón, serrín, excrementos, pieles, plumas, cadáveres de animales, cortezas, frutos, semillas, etc. De esta forma hasta los elementos más duros del ecosistema son reciclados en el suelo para poder ser aprovechados por otros seres vivos.

En los bosques quemados aparece una "flora" típica de hongos: los hongos pirófilos. Por ejemplo, Antracobia macrocystis, Pholiota carbonaria, Pyronema omphalodes. Sobre los troncos calcinados de roble que quedan en pie es muy frecuente en Sanabria y Carballeda ver durante todo el invierno grandes agrupaciones de Tremella mesenterica.

Los principales factores ecológicos que pueden condicionar a los hongos y la producción de las setas por tanto, son la temperatura, humedad, iluminación, acidez del suelo, altitud y la distribución de sus plantas nodriza (en el caso de micorrizas). Es de todos conocida la necesidad de humedad en el ambiente y en el suelo para que se desarrollen las setas, pero existen especies con requerimientos más o menos estrictos. Por ejemplo hay especies mediterráneas como Amanita ponderosa y Omphalotus olearius que precisan poca humedad, y que no están presentes en nuestro ámbito geográfico; y en cambio hay otras como las trompetas de la muerte (Craterellus cornucopioides) o las cagarrias (Morchella sppl) que prefieren zonas de gran humedad, incluso otras que viven en los musgos encharcados (Mitrula paludosa) o bien dentro de los ríos y arroyos (Vibrissea truncorum).

La naturaleza del terreno puede beneficiar a ciertas especies, como por ejemplo los lugares arcillosos son mejores para Entoloma lividum o Aleuria aurantia y los suelos arenosos son propicios para Pleurotus eryngii o Tricholoma auratum; mientras que las zonas calcáreas son preferidas por Boletus satanas. Los terrenos ácidos que dominan la mayoría de nuestro territorio albergan gran cantidad de especies que no seleccionan en gran medida la naturaleza del sustrato, aunque siempre necesitan unas precisas condiciones de microhábitat.

Hay algunas especies que son efímeras y se destruyen con los primeros fríos y otras que soportan mejor las heladas; así la colmenilla gris es muy temprana y en cambio Hygrophorus hypothejus se encuentra en bastante buen estado hasta después de comenzadas las heladas invernales. Algunas producen setas durante gran cantidad de semanas al año como la amanita vinosa (Amanita rubescens) o la piel de corza (Sarcodon imbricatus), mientras que otras tienen su producción muy limitada en el tiempo (es el caso de las morillas, Morchella sppl).