Los hongos parecen proceder evolutivamente de algas primitivas que perdieron la capacidad de realizar la fotosíntesis. Por ello su evolución les ha hecho adaptarse a convivir con los distintos grupos de seres vivos que han ido apareciendo en nuestro planeta.

Existe un grupo de hongos microscópicos, denominados "hongos inferiores", en el que se encuentran las levaduras, de gran importancia en la vida del hombre, ya que intervienen en la elaboración del pan, del queso, del vino, de la cerveza, etc.

Leocarpus fragilis Algunos grupos muy antiguos sin embargo aún sobreviven; es el de los Mixomicetos u "hongos mucilaginosos" que tienen un micelio primordial formado por células que se funden en una gigante con numerosos núcleos (plasmodio). Estas masas celulares mucilaginosas se desplazan de forma ameboide y engloban bacterias que constituyen su alimento. Por sus características estos hongos tienen gran parecido con seres procariotas unicelulares como los protozoos y algunas algas.

Todos los hongos se dispersan produciendo esporas aunque el sistema de reproducción que ocurre previamente difiere con los diferentes grupos y se utiliza habitualmente para su clasificación y estudio evolutivo. Así los hongos se clasifican en tres grupos o Divisiones: Gymnomycota, Mastigomycota y Amastigomycota; los primeros no tienen paredes celulares en su hifas. Los otros dos grupos se diferencian por la formación de esporas flageladas (con movimiento propio) en alguna fase de su ciclo vital en el caso de los Mastigomycota y su ausencia en el caso de los Amastigomycota.

En los grupos más avanzados de hongos sin células flageladas, denominados "hongos superiores" (Ascomicetos y Basidiomicetos) se forman unos cuerpos fructíferos o setas encargados de producir los tejidos esporógenos (ascas o basidios).

El patrón morfológico general en el que englobaríamos algunas setas típicas como champiñones, amanitas o boletos; se correspondería con setas que se elevan del sustrato (sea el suelo u otro) por un pie y que poseen un sombrerillo en forma de paraguas. Pero además podemos encontrar muchos otros. Por ejemplo:

Crucibulum laeve

• Sobre los troncos, otras setas sin pie y con forma de casco de caballo, como los yesqueros.
• Otras con un pequeño pie y con forma de ostras agrupadas, como los pleurotos o los trametes.
• Sobre el suelo, también se encuentran setas con forma de utrículo, son los pedos de lobo o bejines.
• Con forma de coral, son las ramarias, clavarias, clavulinas y las caloceras.
• Con forma de recipiente o vaso, como los niditos, las pezizas o las sarcosferas.
• Con forma de gominola, como las bulgarias o las tremellas.
• Con forma de cerebro como Gyromitra esculenta.
• Con forma de porra o maza, como las mitras de los pantanos y algunas clavarias.

Así como múltiples formas de verruga, costra o pequeños discos planos que tienen muchas especies de Ascomicetos y Heterobasidiomicetos, tanto del suelo como de la madera.